จุลินทรีย์ในดิน ทำหน้าที่ย่อยสลายอินทรีย์สารให้กลายเป็นอินทรีย์วัตถุในดิน ดินที่พบอินทรียวัตถุสูงจะมีความอุดมสมบูรณ์สูงด้วย เพราะอินทรีย์วัตถุเป็นแหล่งของธาตุไนโตรเจน และธาตุอื่น ๆ ให้แก่พืช โครงสร้างดินที่ดีจึงต้องเป็นที่อยู่ที่ดีให้กับจุลินทรีย์ด้วยเช่นกัน
จุลินทรีย์ในดิน (microorganism) เป็นสิ่งมีชีวิตขนาดเล็ก มีรูปร่างลักษณะเป็นเซลล์เดียวหรือหลายเซลล์ มีขนาดเล็กกว่า 1 ไมครอนจนถึง ส่วนใหญ่ไม่สามารถมองเห็นได้ด้วยตาเปล่า ทั้งแบคทีเรีย เชื้อรา ไร เชื้อรา โปรโตซัว สาหร่าย แอกติโนไมซีต ส่วนใหญ่จุลินทรีย์จะอาศัยอยู่ในดินระดับความลึกประมาณ 1-20 นิ้ว และลดลงเมื่อความลึกของดินมากขึ้น
ชั้นดินแบบไหนที่ จุลินทรีย์ในดิน อาศัยอยู่ได้
ดินชั้น O – Organic Layer หรือ ชั้นดินอินทรีย์ เป็นดินที่อยู่บนสุด หากบริเวณนั้นมีเศษใบไม้กิ่งไม้ รวมถึงมีต้นไม้ หญ้า และมีซากพืชซากสัตว์ที่ทับถมกันอยู่ เนื้อดินจะมีสีดำคล้ำถึงน้ำตาลเข้ม มีกลิ่นเฉพาะ ประกอบด้วยอินทรีย์วัตถุ (ฮิวมัส) เป็นชั้นดินที่มีความอุดมสมบูรณ์เหมาะต่อการเจริญเติบโตของพืช
ดินชั้น A – Topsoil หรือ ชั้นดินบน อยู่ใต้ชั้น O ประกอบด้วยอินทรียวัตถุที่มีการสลายตัวแล้ว จนเกิดการผสมหลอมรวมร่วมกับแร่ธาตุในดิน มีความหนาประมาณ 15-30 ซม.จากผิวหน้าดิน มักมีสีคล้ำ แม้จะมีปริมาณอินทรีย์วัตถุน้อยกว่าชั้น O แต่ยังสามารถใช้เพาะปลูกได้ เนื่องจากมีโครงสร้างที่ดี โดยเฉพาะเรื่องของการระบายน้ำและการหมุนเวียนของอากาศ
ดินชั้น B – Subsoil หรือ ชั้นดินล่าง เป็นชั้นของดินที่เกิดจากการสะสมแร่ธาตุ มีสีเข้มและคล้ำกว่าชั้น E ด้วยเช่นกันดินชั้นนี้มีเนื้อดินแน่น อยู่ติดกันเป็นก้อน ระบายน้ำไม่ดี ไม่เหมาะกับการปลูกพืชเกือบทุกชนิด
ดินชั้น C – Parent Rock หรือ ชั้นวัตถุต้นกำเนิดดิน ไม่มีการสะสมของอินทรียวัตถุ ไม่สามารถปลูกพืชได้
ดินชั้น R – Base Rock หรือ ชั้นหินพื้น อยู่ลึกสุด เป็นชั้นหินแข็งที่ยังไม่ผุพังสลายตัว ไม่สามารถปลูกพืชได้
ชั้นดินที่เป็นที่อยู่ของจุลินทรีย์ได้ดี คือ ดินชั้น O-Organic Layer (ชั้นดินอินทรีย์) และ A – Topsoil (ดินชั้นบน) ซึ่งเป็นชั้นดินที่มรการทับถมของอินทรีย์วัตถุที่ย้อยสลาย จึงมีปริมาณธาตุอาหารที่จำเป็นต่อพืช ระบายน้ำและถ่ายเทอากาศได้ดี รากพืชสามารถเจริญเติบโตได้ดีในดินชั้นนี้จึงเหมาะต่อการเพาะปลูกมากที่สุด
สร้างบ้านให้จุลินทรีย์ด้วยถ่านชีวมวล
ถ่านชีวมวล หรือ ไบโอชาร์ (Biochar) เป็นผลิตภัณฑ์ที่ใช้ในการปรับปรุงดินที่ได้จากกระบวนการย่อยสลายเชิงความร้อนที่เรียกว่าไพโรไลซิส (Pyrolysis) ของชีวมวลหรือสารอินทรีย์ กระบวนการไพโรไลซิสจะไล่ความชื้น ไล่สารอินทรีย์ ด้วยความร้อน เมื่อจบกระบวนการจะได้ไบโอชาร์ที่เต็มไปด้วยรูพรุนขนาดเล็ก คล้ายฟองน้ำที่ละเอียดมากๆ มีน้ำหนักเบา หากกระทบกันจะเกิดเสียงใส แตกต่างจากถ่านหุงต้มทั่วไปอย่างเห็นได้ชัด รูพรุนที่เกิดขึ้นจากกระบวนการไพโรไลซิสจะเต็มไปด้วยประสิทธิภาพการดูดซับสิ่งต่างๆ ทั้งธาตุอาหารของพืช เพิ่มการอุ้มน้ำ ยิ่งรูพรุนละเอียดมากยิ่งดูดซับได้มาก และรูพรุนขนาดเล็กนั้นจะเป็นที่อยู่ของจุลินทรีย์ในดิน
จุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ต่อดินมีการพัฒนาคิดค้นหลากหลายรูปแบบ เช่น จุลินทรีย์สังเคราะห์แสง ,ไตรโคเดอร์มา, บิวเวอร์เรีย เมธาไรเซียม ,EM , สารเร่ง พด. เป็นต้น นอกจากนั้นจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ไม่ได้มีเฉพาะในดินเท่านั้น แต่ยังเป็นส่วนประกอบของอาหารและเครื่องดื่มในชีวิตประจำวันของคนเรา เช่น นมเปรี้ยว โยเกิร์ต คอมบูชา ข้าวหมาก ซึ่งโพรไบโอติก ก็เป็นจุลินทรีย์ชนิดหนึ่งที่ได้รับความนิยมในปัจจุบัน